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细菌作为水生生态系统中的分解者，是水体能量流动和物质循环的重要环节。水体的营养化程度通常可以通过藻类的浓度表现出来，因为藻类能利用简单的无机物合成有机物，能够通过光合作用把太阳能转化为化学能，把无机物转化为有机物，藻类不仅自身发育生长，也为其他生物提供物质和能量，在生态系统中居于重要地位。水生生态系统中的生产者将光能经食物链传递下去，在一定范围内，随着生产者数量的增加，消费者的数量也会增大，细菌作为分解者，可将动植物残体、排泄物等所含的有机物质转化为简单无机物，随着水体营养化程度的提高，细菌的数量和种类也会随之发生变化。
在池塘养殖水环境中，水体中的微生物分为好氧细菌、厌氧细菌、兼性好氧细菌及兼性厌氧细菌。从病原微生物的角度分析，又可分为病原微生物、非致病微生物(包括有益微生物)以及条件致病微生物。微生物无论从群体结构还是从单一个体来讲，都具有两面性，既有有益的一面，也有不利的一面。微生物在养殖水体生态系统中主要有以下作用：
1.分解有机物质。通过自身分泌的各种酶将水体和沉积物中的饵料、养殖排泄物以及养殖生物或浮游生物等尸体进行分解，转化为各种形式的物质后进行生态系统的物质循环。
2.在不同环境状况中(厌氧、好氧、酸性、碱性)发挥分解代谢作用。不同微生物有其自身特 有的功能，有的可以转化氮，有的可以分解有机磷，不同的有机质都可被其利用。
3.通过自身分泌物(次生代谢产物)或者对食物的竞争，抑制有害藻类和有害致病菌。
4.将有机物转化成可吸收利用的无机元素，被浮游植物及养殖生物吸收利用。
5.大量繁殖的微生物会消耗水体中的氧气，使水体缺氧，底部沉积物在厌氧状态会释放有毒害的物质。
微生物之间存在相互影响与相互制约的关系，一些微生物会影响到另一类微生物的生长，从而导致微生物群落的改变。在养殖池塘生态系统中，各种微生物处于相互制约、共生互利、生存竞争关系，使食物网和群落结构保持稳定平衡的状态中，水域生态系统中环境因子的变化也会引起微生物群落结构的变化，微生物群落结构的变化将会影响到其他生物群落结构的变化，从而导致养殖池塘生态系统中整个生物群落结构和环境因子的变化。由于养殖生态环境的特殊性，其环境内部的微生物群落组成等会受到投饵，增氧、水体pH、投放药物、益生菌等的影响，这些活动一般是有序的。因此，在养殖过程中，微生物发生一定的规律性变化可以反映养殖生态系统的状况，可用养殖生态系统中微生物群落结构监测养殖环境的生态状况。
从富营养化程度很高的水体到贫营养状态的水体，细菌菌落数量和种类一般呈显著下降趋势。在极度贫营养化条件下，水体中的微生物种类相对较少。随着营养水平的逐渐升高，微生物的生存条件发生改变，多样性会增加，水体中的细菌数量也会显著增加。细菌数量的增加，加速了水体中物质循环速率。
在富营养的水体中，由于藻类数量多，藻类分泌物和藻类残渣含量也多。这些易被微生物吸收的溶解性有机物，为细菌的生长提供了丰富的饵料，有利于水体中细菌的大量生长。同时，浮游植物的大量生长，也为水体中的浮游动物提供了充足的饵料，降低了浮游动物对细菌的捕食压力。在这种相互作用下，水体中的细菌大量繁殖，菌落的种类和数量上升。随着富营养化程度的降低，藻类的数量逐步降低，浮游动物和底栖动物的数量开始上升，营养物质减少，原生动物对细菌捕食压力加大，在此双重压力下，水体中的细菌数量和种类逐渐减少。
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