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我国是养殖大国，近年来，养殖业取得了很大的发展。但是，传统的水产和畜禽养殖成本高，产量小，效益低，特别是养殖中使用的各种消毒剂和抗生素,即破坏养殖环境，污染水产品，又增加养殖成本。如何有效地克服上述缺点呢？光合细菌作为优良的水环境改良剂和饲料添加剂，用于养殖业在我国才是近几年的事，由于最早使用光合细菌的用户，取得了很好的效果和较大的经济效益，因此目前倍受推崇，大有普及之势。那么，光合细菌究竟起到什么样的作用呢？
① 净化水质
由于高密度水产养殖的水体中，含有大量的鱼类粪便和残饵，以及鱼药的残留物，它们腐败后产生的有害物质直接污染水体和底泥。轻度污染可造成鱼类生活不适，饲料系数增高，生长缓慢，免疫力下降；积累到一定程度后，能使鱼类中毒、发病甚至死亡。这是由于有害物质，除直接危害鱼类外，同时也是病原微生物的营养源，并使之大量繁殖，使鱼类感染发病。兼性厌氧的光合细菌能改善水质的主要原因，是它在分解有机质时不产生有害物质，并且还能利用有害物质作为营养源，长成自已的有益细胞，变害为宝；形成优势群落后，还能竞争性地抑制病原微生物的生长，降低感染机率。从而净化水质使鱼类健康生长。
② 维持微生态平衡
养殖的水体中存在着各种各样的微生物，有的是有益的；有的是有害的；有的处于中间状态，叫"条件致病微生物"，即正常情况下，这类微生物不致病，但在水质恶化，鱼类免疫力下降时，便大量繁殖危害鱼类。自然界中，有害微生物和条件致病微生物都叫"病原微生物"是不可排除的，广义上讲，它们有利于生物进化。它们能使一些不健康的、免疫力低或退化了的生物体被淘汰。但是，无论是有害微生物还是条件致病微生物，必须在水体中达到一定浓度才能危害鱼类，这个浓度叫"发病临界点"。不同种或不同体质的鱼，发病临界点不一定相同。在渔业生产中，控制病原微生物的浓度，使其达不到发病临界点，是健康养殖的关键。通常人们采用消毒杀菌剂来控制，但随着施用次数的增加，病原微生物的耐药性亦相应增强，为了达到预防效果，施用剂量逐步加大，这不仅增加了用药成本，还污染了水体，造成水产品品质下降，甚至不能食用。同时鱼类易产生应激反应，停食、消瘦，浪费有限的生长期。到了鱼类发病需要治疗的时候，安全剂量治不了病，大剂量应用又容易对鱼类产生危害，这个矛盾制约了水产业的发展。
如何控制病原微生物的生长繁殖，并使其不产生耐药性呢？光合细菌可基本克服消毒杀菌剂的缺点，它通过降解或清除水体中包括鱼药在内的有害化学物质；与病原微生物争夺营养、空间，使其无法大量繁殖，从而不易形成致病的环境条件。假如由于病原微生物的原因，鱼类发了病，说明它在水体中的浓度已达到或超过发病临界点，在微生物群体中占优势，此时，再用光合细菌治疗是没有明显效果的.须用消毒杀菌剂治疗,6-7天后,再使用光合细菌保养水质。
鱼类病害防治原则是：防重于治。只有在日常渔业生产中，维持水体微生态平衡，使有益微生物始终占绝对优势，才是健康养殖的出路。如果平时不有效地预防，到了出现症状时再去治疗，那么，包括渔药成本在内的重大损失将是不可避免的。
③ 培养浮游动物作饵料
光合细菌营养丰富，这正是浮游动物的优质饵料。实践证明，水体中光合细菌越多，浮游动物生长繁殖越旺盛,以浮游动物为食的鱼类增产效果也就越明显,如虾、蟹、花鲢、河蚌等。浮游动物作为仔鱼、糠虾、贝苗等开口饵料，营养价值高，易于消化吸收。此外，光合细菌对于刚孵化后，还不能主动捕食的仔鱼是最适宜的饵料，此时仔鱼的消化系统各器官尚未完全分化，光合细菌通过鳃被吸入体内，在卵囊尚未被完全吸收的同时，即可从外界摄取营养，以弥补内源性营养的不足，从而大大提高成活率。
④ 间接增氧
光合细菌分解有机质进行生长繁殖时，不需要氧气，也不释放氧气，它节约了好氧微生物分解有机质时所需的氧，产生间接增氧作用。
⑤ 饲料添加剂
在相对营养不良的情况下,养殖动物的免疫力下降,有害菌得以发展，容易出现疾病症状。一般情况下，配合饲料中的活性营养成分较少，饲料系数较高。光合细菌作为优良的饲料添加剂，含有大量的促长因子和生理活性物质，营养丰富，拌和饲料后，可补充和增加饲料营养成份、降低饲料系数；刺激动物免疫系统，促进胃肠道内的有益菌生长繁殖，增强消化和抗病能力，促进生长。
光合细菌在水产养殖上的应用方法
一、是适时使用。
使用光合细菌的适宜水温为15℃～40℃，最适水温为28℃～36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。
二、与肥配用。
在池塘施用粪肥或化肥时，配合施用光合细菌效果更为明显。尤其可避免化肥用量过大、水质难以把握的缺点，并可防止藻类老化造成水质变坏。
三、视水质使用。
要根据水质肥瘦情况使用光合细菌。水肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水瘦时，首先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌的生长，应先施用生石灰，调节pH值后再使用光合细菌。
四、是酌量使用。
光合细菌用于鱼池水质净化时，水温20℃以上期间，每立方米水体用2～5克光合细菌拌粉碎的干肥泥均匀撒于鱼池，以后每隔20天每立方米水体用1～2克光合细菌兑水全池泼洒。用于虾池水质净化时，水温20℃以上期间，每立方米水体用5～10克光合细菌拌肥泥均匀撒于虾池，以后每隔20天每立方米水体用2～10克光合细菌兑水全池泼洒。用于饲料添加投喂鱼虾时，以饲料投喂量的1%拌入，直接或加工后投喂（不受温度或压力影响）。用于疾病防治时，可连续定期使用，鱼池每立方米水体用1～2毫升，虾池每立方米水体用5～10毫升，兑水全池泼洒。
五、是避免与消毒杀菌剂混施。
光合细菌制剂是活体细菌，药物对它有杀灭作用，不可与消毒杀菌剂同时使用。水体消毒后须经1周后方可使用，使光合细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
六、是光合细菌在水产养殖中的使用功效
值春夏交际之时，天气非常沉闷，很多放养密度大一点的池塘，鱼浮头缺氧的现象严重，养殖户不得不连夜守候在池塘边，轮流值班，一见浮头，马上开增氧机，但是用了光合细菌的客户，就要轻松多了，每亩施用光合细菌5--7公斤后，则只要过两天，发现根本不用开增氧机了，鱼类浮头的现象没有了。
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