由于池水腐殖质沉积，动物残体、残饵、粪便沉入池底后进行腐败分解，致使池塘底泥发黑、发臭，从而极易产生甲烷、硫化氢、亚硝酸盐等有害物质，极易对生活于中下层的水产动物造成威胁，如鲫鱼、草鱼、青鱼、螃蟹、虾类、鳜鱼等品种。情况严重时池塘中下层的水产动物常浮于中上层，不愿到正常生活水层。如出现上述情况，每隔 10~15 d 要施用1 次微立旺-硫细菌颗粒底改等底质改良剂，再添加芽孢以增加有益微生物，加速沉入池底的有机质或腐殖质的转化，避免底泥发黑、发臭及产生甲烷、硫化氢、亚硝酸盐等有害物质。发现池塘出现底泥发黑、水发臭，应立即采取换水措施，在换水后，再使用微立旺-硫细菌颗粒底改：除黑除臭、去硫化氢，瘦水净水功能菌和降氨氮功能菌等药物来调节水质。
投喂高蛋白质饲料、冰鲜肉类或以活鱼为食的精养鱼塘，如螃蟹池、对虾池、乌鳢池、鳜鱼池等，如果在平时养殖管理中投入较多高蛋白的饵料后，新陈代谢产物中氨氮含量过高，影响水产动物摄食生长，使其免疫力降低，极易造成寄生虫或病原微生物感染。因此，以高蛋白质饲料、冰鲜肉类或以活鱼为食的精养塘，每隔 10~15 d 使用底改和降氨氮产品1次，及时降解氨氮。如果通过水质检测，发现池水氨氮含量严重超标时，第一时间增氧(打开增氧机或氧化剂)，充足的溶解氧可将氨氮转化为菌体蛋白供藻类利用，减少饲料投喂，减少氮来源，泼洒有机酸对水体解毒又补碳，活化氨氮功能菌泼洒，如养殖户有沸石粉可以一起泼洒。
